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棉花枯萎病黄萎病在防治上应采用保护无病区，消灭零星病区，控制轻病区，改造重病区的策略，贯彻以“预防为主，综合防治”的方针，有效地控制病害的危害。
种植管理
(1)选用抗、耐病品种。抗病品种有陕401，陕5245，川73—27，鲁抗1号，86—1号，晋棉7号，盐棉48号，陕3563，川414，湘棉10号，苏棉1号，冀棉7号，辽棉10号，鲁棉11号，中棉99号，临6661，冀无2031，鲁343，晋棉12号、21号等。耐品种有辽棉7号，晋棉16号，中棉18号，冀无252等。枯萎病、黄萎病混合发生的地区，提倡选用兼抗枯萎病、黄萎病或耐病品种，如陕1155，辽棉7号，豫棉4号，中棉12号等。
(2)加强田间管理、实行大面积轮作。最好与禾本科作物轮作，提倡与水稻轮作，防病效果明显。加强田间管理目的有两个，即减少病菌传播和提高植株抗性。具体做法：一是冬闲时期及时清除棉花地的棉柴、杂草及地面的剩余棉花残枝叶，防止病菌传播；二是秋耕深翻，把表层病菌翻到深层，病残体深埋地下，发酵分解，减轻发病。三是加强中耕，提高土壤通透性，尤其雨后及时中耕松土，散墒降湿，可降低病害发生。四是科学施肥，增施有机肥，实行氮磷钾配方施肥，增强棉花抗病能力，减轻危害。同时根据棉花长势，进行叶面肥喷施过程，尤其避免后期出现脱肥现象；五是合理密植，严格防止棉株过密，影响通风透光，并及时整枝、化控，提高棉株抗逆性；六是拔除病株清除病残对病株残体，带到田外烧掉，不要作积肥材料。
(3)认真检疫保护无病区。目前中国2/3左右的棉区尚无该病，因此要千方百计保护好无病区。无病区的棉种绝对不能从病区引调，严禁使用病区未经热榨的棉饼，防止枯萎病及黄萎病传入。提倡施用酵素菌沤制的堆肥或腐熟有机肥。
(4)铲除土壤中菌源，及时定苗、拔除病苗，并在棉田外深埋或烧毁。发病株率0.1%以下的病田定为零星病田。发现病株时在棉花生育期或收花后拔棉秆以前，先把病株周围的病残株捡净，再把病株1m范围内土壤翻松后消毒。用50%棉隆可湿性粉剂1409或棉隆原粉70g与翻松的土壤混拌均匀，然后浇水15～20L使其渗入土中，再用干细土严密封闭；也可用含氮16%农用氨水1份对水9份，每平方米病土浇灌药液45L，10～15天后再把浇灌药液的土散开，避免残毒或药害。在苗期发病高峰前及时深中耕、勤中耕，及时追肥，2—3片真叶期根外喷施棉花专用植物生长调节剂-棉宝或1%尿素液有利于棉苗生长发育，可提高抗病力
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